Based on @anonymous69 suggestion, I posted above a link to the interpolated law. This makes the situation more clear because reading the new decree law by itself, does not make it so obvious about rights.
I have posted the relevant provisions below. Articles 8 and 9 are the relevant provisions for most people with expired documents or permits. You also have to read article 36 to understand the entire picture: O presente decreto-lei entra em vigor no dia seguinte ao da sua publicação. And even further in the document it shows the the date of publication.
8 - Os documentos e vistos relativos à permanência em território nacional, cuja validade expire a partir da data de entrada em vigor do presente decreto-lei ou nos 15 dias imediatamente anteriores, são aceites, nos mesmos termos, até 30 de junho de 2025.
9 - Os documentos referidos no número anterior continuam a ser aceites, nos mesmos termos, após 30 de junho de 2025, desde que o seu titular faça prova de que já procedeu ao agendamento da respetiva renovação.
Artigo 36 Entrada em vigor
O presente decreto-lei entra em vigor no dia seguinte ao da sua publicação.
Later in the document:
Promulgado em 13 de março de 2020.